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名称

服务内容及要求

数量

竞价单价

竞价

总价

完成时间

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某裸子植物denovo后续组学及生信分析

一、项目概况（采购标的）

本项目为福建农林大学某裸子植物基因组denovo后续组学及生信分析。

二、技术和服务要求

2.1 Hic测序

    根据裸子植物基因组大小（10G），需开展Hic测序100Xs深度，构建7个Hic文库，并通过illumina PE150测序，得到1000G以上数据；

2.2 RNA测序

    开展30个组织RNA建库测序，进行核酸提取，构建RNA测序文库，每个样本测序6G数据量。用于后续组学分析以及基因组辅助注释；

2.3 裸子植物基因组组装（10G基因组）

根据已有100X二代测序数据以及100X三代数据，开展基因组组装以及染色体挂载工作；包括测序数据质控、contig组装、Scaffold组装、gap填充、GC-depth分布分析、GC含量分析、测序深度分析、基因区覆盖度评估、基因组SNP统计，RNA序列评估、CEGMA评估、BUSCO评估、Hic染色体挂载等；

2.4 裸子植物基因组注释

2.4.1重复序列注释：利用同源序列比对的方式，基于RepBase库使用Repeatmasker和repeatproteinmask 进行重复序列注释；利用从头预测的方法对重复序列进行注释，并且对反转录转座子进行具体分类

2.4.2基因结构注释：使用Augustus，GlimmerHMM和SNAP等软件对基因结构进行预测

2.4.3基因功能注释：Swissprot注释、TrEMBL注释、KEGG注释、InterPro注释、GO注释

2.4.4非编码RNA注释：包括rRNA、tRNA、miRNA、snRNA。

2.5 裸子植物比较基因组分析

2.5.1基因家族聚类分析

2.5.2系统进化分析

2.5.3物种分歧时间估算

2.5.4基因家族扩增和收缩分析

2.5.5正选择分析

2.5.6全基因组复制分析

2.5.7基因共线性分析

三、商务条件：

1、交付地点：福建农林大学

2、交付周期：90天

3、交付条件：验收合格

4、是否收取履约保证金：否。

5、验收方式：按照标书和合同要求，供应商完成测序技术服务工作，并提供结题报告。

7、支付方式：

第1期：合同签订后，采购方支付60%合同金额的项目首款，启动项目；

第2期：待全部测序分析服务供应完毕且最终验收合格后，采购方支付40%的尾款。

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90天

总价：人民币（大写民）贰拾万叁仟元整（￥203000.00）

成交供应商：北京诺禾致源科技股份有限公司  卢烨18001201576