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一、技术指标：
1.二代survey测序
构建350bp二代文库；采用MGI2000平台进行测序；测序深度不低于50X，即下机的总测序数据量不低于260G clean data；
2、PacBio平台测序
对检测合格的DNA样品构建20K大片段文库，使用PacBio测序仪进行测序，测序深度不低于100X，即下机的总测序数据量不低于500G，且Raw Quality大于0.80，数据平均长度为9-15kb，N50为12-20kb。
3、基因组组装
对下机的PacBio数据进行基于三代测序技术的组装，并使用MGI2000测序数据进行校正，组装的结果要求达到如下指标：基因组完整度达到85%以上，ContigN50不低于2Mb；
4、生物信息分析
（1）基因组survey分析：首先对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量read的处理，然后对产出的数据进行初步分析并进行质控，随后进行基因组组装、GC-depth分布分析、GC含量分析、测序深度分析、常染色体区域覆盖度评估以及基因区覆盖度评估。
（2）denovo组装分析：包括测序数据质控，contig组装，Scaffold组装，gap填充，组装质量评估。
（3）基因组注释：包括重复序列注释，基因结构注释，基因功能注释，非编码RNA注释。
（4）基因组标准分析：包括基因家族聚类，物种进化树构建，系统进化分析，物种分歧时间估算，基因家族扩张和收缩，正选择分析，全基因组复制分析，基因共线性分析。
5、完成20个植物的转录组测序：
完成20个植物转录组的样本提取，获得高质量的RNA。对获取的RNA进行转录组建库，库检合格后，利用MGI-2000平台，对文库上机测序，每个样本测序数据量不低于5G。对下机数据进行过滤和质控，并进行以下分析：
（1）参考基因组比对
（2）新转录本预测
（3）SNP和INDEL检测
（4）差异剪接基因检测
（5）基因表达量计算（基因比对率及表达数目统计、Reads对转录本的覆盖度及分布、样品间的相
（6）关性、PCA分析、样品中基因表达量的分布、样品间及组间的基因表达情况）
（7）基因表达量聚类分析
（8）时间序列分析
（9）差异表达基因检测
（10）差异表达基因维恩图分析
（11）差异表达基因层次聚类分析
（12）差异表达基因GO功能分析
（13）差异表达基因Pathway功能分析
（14）差异表达基因TF编码能力预测
（15）差异表达基因蛋白互作分析
（16）差异表达基因中的植物抗病基因预测
二、售后服务：
1、投诉和建议响应时间要求：
24h内响应投诉或建议，72h内反馈改进方案
2、数据保存及传输要求：
数据保存24个月，中标人需提供移动硬盘用于数据传输。在项目完成后3年之内，如果项目结果存在疑义或者不完善的（例如数据分析存在差错、数据量不够），项目委托方对中标公司保留追究责任的权利，并与中标人协商解决。 |
